Durante todo este tiempo el colegio funciono con dos jornadas independientes una de primaria en la jornada de la mañana con el nombre de José María Córdoba y otra de bachillerato en la jornada tarde con la denominación Santafé de Bogotá en esencia eran dos colegio Como novedad y por resolución 9194 de diciembre 26 de 1997 emanada de la Secretaria de Bogotá, toma el nombre de Centro Educativo Distrital Cacique Hyntiba, únicamente para la jornada de la mañana, que para entonces, abre sus primeros cursos de bachillerato con la básica secundaria; al finalizar su ciclo los y las estudiantes pasaban a la jornada de la tarde, situación que sólo duró dos años. La jornada de la tarde aún mantiene su nombre e identidad.

 

Como estrategia de mejoramiento institucional entre los años 1997 a 2000 se llevó a cabo el proyecto de investigación denominado la “autoestima en el docente del  Colegio Santa fe de Bogotá” cuyos resultados permitieron mejorar los resultados del clima institucional y poner en marcha un modelo educativo basado en valores y relaciones horizontales entre docentes y estudiante.